Muzeum w Mikołajkach zostało zbudowane w 1973 roku przez ks. Władysława Plicha – Plichowskiego. Znajduje się ono przy kościele ewangelickim i jest poświęcone historii reformacji polskiej. W muzeum możemy zobaczyć dokumenty związane z ruchem reformacji na obszarze naszego kraju oraz Europy. Muzeum Reformacji Polskiej w Mikołajkach to pierwsze w Polsce muzeum poświęcone w całości historii reformacji polskiej, ze szczególnym uwzględnieniem Mazur. Placówka mieści się w budynku przy XIX-wiecznym kościele ewangelicko-augsburskim pw. Świętej Trójcy.
Muzeum posiada bogaty zbiór zabytków piśmiennictwa i drukarstwa polskiego na Mazurach do 1945 r. Prezentowane tu zbiory zawierają cenne druki, dokumenty, zdjęcia, listy związane z ruchem reformacyjnym (i nie tylko) na terenie Polski i Europy. Na ścianach wiszą portrety reformatorów Kościoła i polskich działaczy reformacyjnych oraz oryginalne tablice z wojen napoleońskich i z czasów I wojny światowej.